Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi

Programlar Hakkında Bilgi

Lisans - Mühendislik Fakültesi - Biyomühendislik (İngilizce)

Müfredat Adı Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Dönem AKTS Teorik Uygulama
2023 - Biyomühendislik - Lisans BIOE3271 Bioinformatics Zorunlu 5 5,00 3 0

Dersin İçeriği

Dersin Amacı

Dersin amacı, yaşam bilimleri verilerinin yönetimi ve analizi ile ilgili biyoinformatik veri tabanlarını, algoritmaları ve web tabanlı diğer araçların bilgisini sağlamaktır.

Öğrenim Türü

-

Dersin İçeriği

Bu ders, yaşam bilimleri verilerinin yönetimi ve analizi ile ilgili biyoinformatik veri tabanlarını, algoritmaları ve web tabanlı diğer araçları içerir. Derste işlenen dört temel araştırma konusu şunlardır: i) DNA, RNA ve protein dizi analizi, ii) fonksiyonel genomik ve proteomik, iii) 3 boyutlu makromolekül yapısı tahmini, iv) sistem biyolojisi. Bu ders, yukarıda bahsedilen dört yönü kapsayan biyoinformatik alanına genel bir bakış açısı sunacak şekilde hazırlanmıştır.

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

-

Staj Durumu

-

Dersin Sunulduğu Dil

İngilizce

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

-

Dersin Web Sayfası

-

Öğrenme Çıktıları

  • Moleküler dizi verilerinin hizalanmasının gerçekleştirilmesi, organizma ve gen veya protein düzeyinde evrimsel veya fonksiyonel sınıflandırma oluşturulması
  • Mikrodizi verilerinin ön işlemesini ve istatistiksel analizinin gerçekleştirilmesi
  • Modern yüksek verimli DNA dizilimine yönelik teknolojileri, bunların uygulamalarını ve sınırlamalarının tartışılması
  • Biyolojik ağların türlerini ve topolojik özelliklerinin tanımlanması; protein-protein etkileşim ağlarının oluşturulamsı ve analiz edilmesi
  • İstatistiksel programlama dili R ve Bioconductor paketlerinin kullanılması

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Teorik
1 Temel konulara giriş
2 Genom organizasyonu ve evrim
3 Arşivleme ve bilgi eldesi: online veri bankalarının kullanımı
4 İkili dizi hizalaması
5 Çoklu dizi hizalaması
6 Filogenetik analiz
7 Mikrodiziler: teknolojileri ve veri işleme
8 Ara sınav 1
9 Mikrodizi veri analizi
10 Yeni nesil sekanslama
11 Yeni nesil sekanslama veri analizi
12 Protein yapısı ve fonksiyonu
13 Protein yapısı ve fonksiyonu, Ara sınav 2
14 Sistem Biyolojisi: ağ tabanlı analizler
15 Vaka çalışması: İlaç keşfi ve geliştirme
16 Final sınavı
17

Değerlendirme

Değerlendirme Değer
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 60
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Değer
Final Sınavı 100

Öğrenci İş Yükü Hesabı

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Öncesi/Sonrası Bireysel Çalışma 15 3 45
Proje ve Hazırlığı 0 0 0
Ödev ve Hazırlığı 2 10 20
Laboratuvar ve Hazırlığı 0 0 0
Atölye ve Hazırlığı 0 0 0
Sunum ve Hazırlığı 0 0 0
Seminer ve Hazırlığı 0 0 0
Demo ve Hazırlığı 0 0 0
Araştırma ve Hazırlığı 0 0 0
Rapor ve Hazırlığı 0 0 0
Arasınav ve Hazırlığı 2 6 12
Kısa Sınav ve Hazırlığı 0 0 0
Final ve Hazırlığı 1 6 6
Teorik Ders Saati 14 3 42
Uygulama Ders Saati 0 0 0

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

ÖÇ1
ÖÇ2
ÖÇ3
ÖÇ4
ÖÇ5