Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi

Modern elektronik yapı hesaplama yöntemlerinin, bileşik reaktivitelerinin, çeşitli tepkime mekanizmalarının ve kompleks sistemlerin modellenmesinde nasıl kullanılacağını molekül modelleme yazılımları ile öğretmek. Öğrencilerimizin kimyayı moleküler seviyede hayal edebilmelerini ve mantıksal öngörüler yapabilmelerini sağlamak.

-

Elektronik yapı modelleme yöntemlerine kısa bir bakış (tekrar), Hammond postulatı, Kinetik ve termodinamik kontrol , IRC hesapları, Organik tepkimelerin modellenmesi , Hidroborasyon mekanizma modelleme uygulaması, Diels-Alder mekanizma modelleme uygulaması, Çözücü etkisini modelleme, Asitlik modelleme (etanol, asetik asit, nitrik asit karşılaştırma), Makromoleküllerin modellenmesi, QM/MM yöntemleri, Protein yapılarını modelleme, Enzim mekanizması modelleme, DNA modelleme, Vitamin E modelleme uygulaması, Etilen polimerizasyonu modelleme uygulaması, Akılcı ilaç tasarımı, doking uygulaması,

Anlatım/sunum, bilgisayarda modelleme, simülasyonlar, gözlem, proje ödevi.

Yok.

Türkçe

Hesapsal Organik Kimya Ders Notları, Safiye Erdem, 2006 http://posta.marmara.edu.tr/~erdem/fbe/ders_notlari/Hesapsal_Organik_Kimya.pdf, Essentials of Computational Chemistry, C. J. Cramer, 2nd addition, Wiley, 2004, Molecular Modelling-Principles and Applications, A. R. Leach, 2nd addition, Prentice Hall, 2001, Ab initio Molecular Orbital Theory, W. J. Hehre, L. Radom, P. Schleyer, J. A. Pople, Wiley, 1986, Experiments in Computational Organic Chemistry, W. Hehre, L. D. Burke, A. J. Shusterman, W. J. Pietro, Wavefunction Inc., 1993.

http://mimoza.marmara.edu.tr/~erdem/

• Bir kimya problemini çözmek için elektronik yapı modelleme yöntemlerini kullanabilir.
• Bilgisayarda biyomolekülleri 3-boyutlu çizebilir, görselleştirebilir.
• Bir tepkimenin mekanizmasını kurgulayabilir ve modelleyebilir.
• Hesaplamalı kimya alanındaki bir bilimsel yayını okuyup analiz edebilir.
• Hesaplamalı kimya yöntemleri ile basit bir proje kurgulayabilir ve sunabilir.