| Müfredat Adı | Ders Kodu | Ders Adı | Ders Türü | Dönem | AKTS | Teorik | Uygulama |
| Biyomühendislik (İngilizce) - 2015 | BIOE3052 | Introduction to Bioinformatics | Seçmeli | 5 | 5,00 | 3 | 0 |
Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi
Programlar Hakkında Bilgi
Lisans - Mühendislik Fakültesi - Biyomühendislik (İngilizce)
Dersin İçeriği
Dersin Amacı
Dersin amacı, amino asit ve nükleotit dizilerini çözümlemek için kullanılan hesapsal metotları tanımlamak ve protein ve nükleik asitlerin ikincil ve üçüncül yapılarını benzetimlemektir.
Öğrenim Türü
-
Dersin İçeriği
Gen bilimi çağında biyoenformatiğin zorluklarına genel bakış. Biyoenformatik veri tabanları. Dizi hizalama ve benzerlik araştırması. Çoklu dizi hizalama. Filogenetik çözümleme. Kalıplar ve dizi-işlev ilişkileri. Yapısal hizalamalar. 3 boyutlu moleküler modelleme. Mikrodizi teknolojisi. RNA/DNA analizi ve DNA parçalarının montajı. Geniş ölçekli gen ifadesinin çok değişkenli çözümlemesi. Metabolik yolu analizi. Biyolojik süreçlerin modellenmesi ve simulasyonu. Veri madenciliği.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Bilgisayar projeksiyonu ile ders anlatımı. Okuma ödevleri.
Staj Durumu
Yok
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Introduction to Bioinformatics, A. M. Lesk, Oxford University Press Ders notları İlgili makaleler
Dersin Web Sayfası
-
Öğrenme Çıktıları
- Biyoinformatiğin temeli ve uygulama alanları
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik |
|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe giriş |
| 2 | Biyolojiye, biyolojik verisetlerine giriş, verikaynaklarının kullanımı, biyoinformatik problemlerine genel bakış |
| 3 | Dinamik programlama |
| 4 | Dizilemelerin istatistiksel önemi I |
| 5 | Dizilemelerin istatistiksel önemi I |
| 6 | Sonlama dizileri |
| 7 | Çoklu dizinleme |
| 8 | Ara Sınav Haftası |
| 9 | Markov Modelleri |
| 10 | Çoklu dizinleme algoritmaları |
| 11 | Protein yapılarına giriş |
| 12 | Yapı tahmini |
| 13 | Yapı tahmini (devam) |
| 14 | Data normalizasyonu |
| 15 | Sistem biyolojisine giriş |
| 16 | Ders Çalışma Haftası |
| 17 | Yarı Yıl Sonu Sınavı |
Değerlendirme
| Değerlendirme | Değer |
|---|---|
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 60 |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 40 |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Değer |
| Final Sınavı | 100 |
Öğrenci İş Yükü Hesabı
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Öncesi/Sonrası Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Proje ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Ödev ve Hazırlığı | 1 | 20 | 20 |
| Laboratuvar ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Atölye ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Sunum ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Seminer ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Demo ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Araştırma ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Rapor ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Arasınav ve Hazırlığı | 1 | 35 | 35 |
| Kısa Sınav ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Final ve Hazırlığı | 1 | 40 | 40 |
| Teorik Ders Saati | 0 | 0 | 0 |
| Uygulama Ders Saati | 0 | 0 | 0 |
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| ÖÇ1 | |||||||||||
| ÖÇ2 | |||||||||||
| ÖÇ3 | |||||||||||
| ÖÇ4 | |||||||||||
| ÖÇ5 |