| Müfredat Adı | Ders Kodu | Ders Adı | Ders Türü | Dönem | AKTS | Teorik | Uygulama |
| 2020-Bilgisayar Mühendisliği (İngilizce) -Anadal | CSE4065 | Introduction to Computational Genomics | Seçmeli | 7 | 5,00 | 3 | 0 |
Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi
Programlar Hakkında Bilgi
Lisans - Mühendislik Fakültesi - Bilgisayar Mühendisliği (İngilizce)
Dersin İçeriği
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, DNA yapısını tanıtmak ve farklı DNA dizilimleri arasındaki benzerlikleri bulmak için geliştirilen farklı algoritmaları öğretmek ve uygulamaktır. Ders, Gen yapısını öğretir, genler üzerinde benzerlik ve farklılıkları bulmaya yarayan yöntemleri açıklar ve bulunan bu farklılıkları yorumlamayı hedefler.
Öğrenim Türü
-
Dersin İçeriği
DNA ve RNA yapısı, DNA’nın kopyalanması, RNA ve proteinin oluşturulması, Randomized Motif Search, Gibbs Algoritması, Dinamik Programlama, DNA Dizisi Hizalama
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Ders notları, projeler ve sınavlar
Staj Durumu
Yok
Dersin Sunulduğu Dil
İngilizce
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Compeau Philip, Pevzner, Pavel: Bioinformatics Algorithms: An active Learning Approach
Dersin Web Sayfası
-
Öğrenme Çıktıları
- DNA yapısını anlamak
- DNA dizilimleri arasındaki benzerlikleri bulmak
- Gen analizi temellerini anlamak
- Farklı uygulamalar kullanarak gen analizleri yapabilmek
- DNA dizisi hizalama temellerini anlamak
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik |
|---|---|
| 1 | DNA ve RNA yapısı |
| 2 | DNA'nın Kopyalanması, RNA'nın ve Proteinin Oluşturulması |
| 3 | Bir Gen Dizilimi Üzerinde Benzer Patternlerin Bulunması |
| 4 | Bir Gen Dizilimi Üzerinde Benzer Patternlerin Bulunması |
| 5 | Farklı DNA Dizilimleri Üzerinde Benzer Patternlerin Bulunması |
| 6 | Farklı DNA Dizilimleri Üzerinde Benzer Patternlerin Bulunması |
| 7 | Randomized Motif Arama Algoritması |
| 8 | Ara Sınav Haftası |
| 9 | Gibbs Sampling Algoritması |
| 10 | DNA'nın Çizgeler ile gösterimi |
| 11 | DNA'nın Çizgeler ile gösterimi |
| 12 | DNA Dizisi Hizalama |
| 13 | DNA Dizisi Hizalama |
| 14 | DNA Dizisi Hizalama için Kullanılan Algoritmalar |
| 15 | DNA Dizisi Hizalama için Kullanılan Algoritmalar |
| 16 | Ders Çalışma Haftası |
| 17 | Yarı Yıl Sonu Sınavı |
Değerlendirme
| Değerlendirme | Değer |
|---|---|
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 60 |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 40 |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Değer |
| Final Sınavı | 100 |
Öğrenci İş Yükü Hesabı
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Öncesi/Sonrası Bireysel Çalışma | 14 | 1 | 14 |
| Proje ve Hazırlığı | 3 | 11 | 33 |
| Ödev ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Laboratuvar ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Atölye ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Sunum ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Seminer ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Demo ve Hazırlığı | 2 | 1 | 2 |
| Araştırma ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Rapor ve Hazırlığı | 2 | 1 | 2 |
| Arasınav ve Hazırlığı | 1 | 8 | 8 |
| Kısa Sınav ve Hazırlığı | 3 | 4 | 12 |
| Final ve Hazırlığı | 1 | 12 | 12 |
| Teorik Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama Ders Saati | 0 | 0 | 0 |
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| ÖÇ1 | ||||||||||||||
| ÖÇ2 | ||||||||||||||
| ÖÇ3 | ||||||||||||||
| ÖÇ4 | ||||||||||||||
| ÖÇ5 |