Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi

Programlar Hakkında Bilgi

Lisans - Mühendislik Fakültesi - Biyomühendislik (İngilizce)

Müfredat Adı Ders Kodu Ders Adı Ders Türü Dönem AKTS Teorik Uygulama
Biyomühendislik (İngilizce) - 2015 BIOE4012 Introduction to Protein Structure and Function Seçmeli 5 5,00 3 0

Dersin İçeriği

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, öğrencilere biyolojik makro moleküllerin yapı ve işlevlerini tanıtmaktır.

Öğrenim Türü

-

Dersin İçeriği

Yapısal ve işlevsel gen bilimine giriş. Dizi-yapı-işlev paradigması. Protein yapısı ve işlevine genel bakış. Yapısal hiyerarşi. Amino asitler. Peptit bağı. Protein yapısı için temel ölçümler: bağ uzunluğu, bağ açıları, dihedral açılar. Sanal bağ modeli. Zincir doğrulama mekaniğinin istatistiksel işlemleri. Kararlılık için ana etkileşimler: atomik, iyonik, van der Waals, hidrofobik etkileşimler ve hidrojen bağları. İkincil yapının önemi ve belirteçleri. İkincil yapı elemanlarının özellikleri. Hidrofobiklik, kararlılık ve esneklik. Protein katlanması. Üçüncül ve dördüncül yapı. Yapının deneysel olarak belirlenmesi. X ışını kristalografisi. Yapının deneysel olarak belirlenmesi. NMR spektroskopi. Biyolojik veri tabanları. Protein yapısının moleküler görüntüleme programları kullanılarak görselleştirilmesi. Proteinlerin en temel işlevi olan bağlanma. Tanıma, tamamlama ve özgüllük. Diğer temel işlevler: kataliz, yer değiştirme, yapısal elemanlar olarak etkileme. Protein işlevinin düzenlenmesi. Posttranslasyonel değişiklikler.

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

Bilgisayar projeksiyonu ile ders anlatımı. Okuma ödevleri.

Staj Durumu

Yok

Dersin Sunulduğu Dil

İngilizce

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Protein Structure and Function, Primers in Biology, G.A. Petsko, D. Ringe, New Science Press, 2004. Introduction to Protein Structure, C. Branden, J. Tooze, Garland Science, 1999. Ders notları.

Dersin Web Sayfası

-

Öğrenme Çıktıları

  • protein yapı ve fonksiyonları hakkında bilgi sahibi olma
  • protein katlanmasının hangi yasalar doğrultusunda nasıl gerçekleştiği bilmek
  • . katlanmanın doğru gerçekleşmesini sağlayan yardımcı moleküler elemanların kim olduğu ve katlanmanın doğru olmaması durumunda ortaya çıkabilecek hastalıkların ne olduğu ve bunların moleküler temeli

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Teorik
1 Protein yapısı
2 Protein katlanma sorunu nedir
3 Katlanma mekanizmaları
4 Katlanma mekanizmaları
5 Protein katlanamaması ve buna bağlı oluşan hastalıklar
6 Protein katlanması ve dinamiklerinin sirküler dikroizm ile çalışılması
7 Protein katlanması ve dinamiklerinin farklı fluoresan teknikleriyle çalışılması
8 Ara Sınav Haftası
9 Protein yapı analizlerinin kristalleştirme sonucu X-ışınları ile incelenmesi
10 Protein yapı analizlerinin sıvı içersinde NMR ile yapılması ve bu yöntem ile protein dinamik analiz metodlarının da gösterilmesi
11 Protein yapı analizlerinin sıvı içersinde NMR ile yapılması ve bu yöntem ile protein dinamik analiz metodlarının da gösterilmesi
12 Protein çalışmalarında kullanılan farklı kütle spektrometresi yöntemlerinin anlatılması
13 Ara sınav 2
14 Protein çalışmalarında kullanılan farklı kütle spektrometresi yöntemlerinin anlatılması
15 Protein çalışmalarında kullanılan farklı kütle spektrometresi yöntemlerinin anlatılması
16 Ders Çalışma Haftası
17 Yarı Yıl Sonu Sınavı

Değerlendirme

Değerlendirme Değer
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 60
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Değer
Final Sınavı 100

Öğrenci İş Yükü Hesabı

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Öncesi/Sonrası Bireysel Çalışma 13 3 39
Proje ve Hazırlığı 1 20 20
Ödev ve Hazırlığı 3 10 30
Arasınav ve Hazırlığı 2 15 30
Final ve Hazırlığı 1 15 15

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

ÖÇ1
ÖÇ2
ÖÇ3
ÖÇ4
ÖÇ5