| Müfredat Adı | Ders Kodu | Ders Adı | Ders Türü | Dönem | AKTS | Teorik | Uygulama |
| Biyoloji - Tezli Yüksek Lisans - 2014 | BYL7063 | Yapısal Biyoinformatik | Seçmeli | 1 | 8,00 | 3 | 0 |
Marmara Üniversitesi
Marmara Üniversitesi Eğitim-Öğretim Bilgi Sistemi
Programlar Hakkında Bilgi
Tezli Yüksek Lisans - Fen Bilimleri Enstitüsü - Biyoloji
Dersin İçeriği
Dersin Amacı
Gen ve protein veri bankalarındaki bilgileri kullanarak protein yapısının nasıl belirleneceğini öğretmek. Protein yapı analizlerini öğretmek ve amaca uygun olarak kullanabilmek.
Öğrenim Türü
-
Dersin İçeriği
Yapısal biyoinforamtik, protein modelleme, moleküler docking, moleküler dinamik simülasyonu
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Anlatım/sunum, soru-cevap, bilgisayar programları
Staj Durumu
yok
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Torsten Schwede ve Manuel Peitsch “ computational structural biology” World scientific, 2008.
Dersin Web Sayfası
yok
Öğrenme Çıktıları
- Biyolojik veri bankalarından gen ve protein verilerini elde edebilir ve amacına yönelik olarak kullanır
- Çoklu protein dizilerini analiz eder.
- Proteinler arasındaki evrimsel ilşkiyi kavrar.
- Proteinlerin 3-boyutlu yapılarını “homoloji” ve “threading” metotlarıyla tahmin edebilir.
- Protein-protein ve protein-ilaç etkileşimlerini analiz edebilir
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik |
|---|---|
| 1 | Yapısal biyoinformatiğe giriş ve tarihçe |
| 2 | Gen ve protein dizileri veri bankaları |
| 3 | Dizi hizalama ve sunucular |
| 4 | BLAST ve FASTA algoritmaları |
| 5 | Protein yapısı ile ilgili veri bankaları |
| 6 | Protein fonksiyonu ile ilgili veri bankalar |
| 7 | Protein yapısı görüntüleme ve analiz etme |
| 8 | vize |
| 9 | Homoloji modelleme I |
| 10 | Homoloji modelleme II |
| 11 | “Threading” modelleme |
| 12 | İlaç ve kimyasal veri bankaları |
| 13 | Protein aktif bölge analizleri |
| 14 | Moleküler doking |
| 15 | Protein-protein etkileşimleri |
| 16 | Final çalışma haftası |
| 17 | Final Sınav haftası |
Değerlendirme
| Değerlendirme | Değer |
|---|---|
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 50 |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 50 |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Değer |
| Final Sınavı | 100 |
Öğrenci İş Yükü Hesabı
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Öncesi/Sonrası Bireysel Çalışma | 2 | 14 | 28 |
| Proje ve Hazırlığı | 1 | 14 | 14 |
| Ödev ve Hazırlığı | 2 | 14 | 28 |
| Laboratuvar ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Atölye ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Sunum ve Hazırlığı | 1 | 14 | 14 |
| Seminer ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Demo ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Araştırma ve Hazırlığı | 1 | 14 | 14 |
| Rapor ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Arasınav ve Hazırlığı | 1 | 14 | 14 |
| Kısa Sınav ve Hazırlığı | 0 | 0 | 0 |
| Final ve Hazırlığı | 2 | 14 | 28 |
| Teorik Ders Saati | 2 | 14 | 28 |
| Uygulama Ders Saati | 2 | 14 | 28 |
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| ÖÇ1 | |||||||||||
| ÖÇ2 | |||||||||||
| ÖÇ3 | |||||||||||
| ÖÇ4 | |||||||||||
| ÖÇ5 |